با توجه به وجود پتانسیل‌های تحقیقاتی مناسب، این مرکز در سال 1383 با هدف انجام تحقیقات تخصصی در زمینه فرآوری، حفظ کیفیت، تولید محصولات بارزش افزوده و تکمیل زنجیره ارزش، به موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور ملحق گردید و از همان زمان با عنوان مرکز ملی تحقیقات فرآوری آبزیان تحت نظارت و مديريت موسسه، نتایج حاصل از تحقیقات فرآوری آبزیان در کشور را جهت استفاده به بخش های اجرا و خصوصی ارائه نموده است.

 اهداف و وظایف مرکز:
1. تحقيق و مطالعه به منظور شناسايي و معرفي منابع بالقوه قابل استفاده در توليد فرآورده‌هاي شيلاتي (مواد اوليه، مواد افزودني و ... )
2. تحقيق و مطالعه به منظور تنوع بخشي به فرآورده‌هاي غذایی از آبزيان با تاكيد بر استفاده از آبزيان کم مصرف و ارزان قیمت
3. تحقیق و مطالعه جهت استفاده از تکنولوژی‌های نوین عمل‌آوری در تولید فرآورده‌های شیلاتی
4. تحقيق و مطالعه در زمينه ارتقای كيفيت، ارزش تغذیه‌ای (تولید محصولات فراسودمند)، بازار پسندي (بازارهاي داخلي و خارجي) و بهبود عمر ماندگاري فرآورده‌هاي شيلاتي
5. تحقیق و مطالعه به منظور دستيابي به روشهاي دقيق تر و سریع ارزيابي كيفيت آبزيان و فرآورده‌هاي شيلاتي
6. تحقيق و مطالعه با هدف كاهش ضايعات و دور ريز آبزيان و استفاده از آنها در تولید فرآورده‌های با ارزش افزوده بالا
7. تحقيق و مطالعه در زمينه شناسايي، معرفي و تولید انواع فرآورده‌هاي غذايي، داروئی، آرایشی- بهداشتي و صنعتي از آبزيان
8. تحقيق و مطالعه به منظور کاهش هزينه‌هاي توليد/ صید، افزايش ارزش افزوده و درآمد جامعه شيلاتي کشور
9. بررسي و توصيف روند تغييرات و تحولات بخش صنايع شيلاتي كشور، جهان و تحقيقات وابسته.

مهمترین دستاوردهای شاخص مرکز طی 10 سال اخیر در حوزه تنوع بخشی فرآورده ها و بهره برداری بهینه از منابع شیلاتی کشور:
• تولید پنیر از آب شستشوی سوریمی ماهی کپور نقره ای با روش انعقاد اسیدی
• توليد بستني غنی شده با پروتئين هاي تغليظ شده ماهي فيتوفاگ (FPC)
• تولید فیله مرغوب کم استخوان با استفاده از قسمت های خاص ماهی کپور نقره ای
• تولید کوفته ماهی در اشکال و بسته بندی های مختلف (کنسرو، کنسروهای خورشتی، با پوشش سوخاری)
• توليد اسنك هاي حجيم شده ازاضافات گوشت فيله ماهي كپورنقره اي
• تهیه پودر سوپ ماهی با استفاده از آبزیان ارزان قیمت جنوب کشور
• تولید اشترودل (نان مغزدار) از ماهیان ارزان قیمت جنوب کشور
• تولید Fish paste (خمیر ماهی آماده مصرف) از گوشت چرخ کرده ماهی کیلکا و کپور نقره ای
• استفاده از فيلم های خوراكي ( سدیم آلژینات، پروتئین آب پنیر و مخلوط آنها) براي بسته بندي ماهی كيلكای سر و دم زده شکم خالی
• تولید انواع فرآورده های خشک طعم دار از کیلکای دریای کاسپین
• تولید کره رژیمی با استفاده از ژلاتین استخراج شده از زائدات باقیمانده از گوشت کپورماهیان پرورشی
• استفاده از عصاره دانه انگور جهت جلوگیری از ایجاد لکه های سیاه در میگوی پرورشی
• تهیه کلوچه ماهی (Fish Patty) با استفاده از FPC ماهی سیم ارس Abramis brama
• تهیه رنگدانه طبیعی خوراکی بتاکاروتن از گونه آزولای تالاب انزلی
• تولید سُس از میگوی ریز ماکروبراکیوم نیپوننس (Macrobrachium nipponense) تالاب بین المللی بندر انزلی
• تولید فرآورده های خشک از میگوی ریز ماکروبراکیوم نیپوننس تالاب بین المللی بندر انزلی
• تولید میکروکپسول روغن ماهی کیلکا برای مصارف غذایی و دارویی با استفاده از پپتیدهای زیست فعال ژلاتین استحصالی از زائدات فرآوری کپور نقره ای.