با توجه به اهداف و سیاستهای کلان مرکز در راستای  توسعه صنایع فرآوری آبزیان و افزایش سرانه مصرف متناسب با پتانسیلهای موجود در استانهای مختلف کشور و همچنین با توجه به میزان مصرف بالای آبزیان در استان اردبیل، طی جلسات و نشستهای تخصصی بعمل آمده با ریاست و کارشناسان مدیریت شیلات و آبزیان جهاد کشاورزی استان اردبیل روز چهارشنبه 26 بهمن ماه 1390 توافقات  جهت اجرای 4 پروژه مشترک تحقیقاتی بین طرفین نهایی گردید و مقرر گردید پس از ارسال فرمهای تکمیلی و طرح آن در کارگروه تخصصی مدیریت شیلات استان اردبیل، تصمیمات نهایی جهت اجرا به این مرکز اعلام گردد.
لازم به ذکر است که اجرای طرح‌ها و پروژه‌های تحقیقاتی کاربردی با مشارکت و همکاری بخش های مختلف علمی و اجرائی و سپس انتقال دستاوردهای حاصل به جامعه بهره بردار، یکی از مهمترین وظایف مراکز تحقیقاتی‌، منجمله مرکز ملی تحقیقات فرآوری آبزیان که تنها مرکز تخصصی در بخش فرآوری آبزیان در کشور است می‌باشد. اجرای طرح مشترک با هدف توسعه صنایع فرآوری آبزیان در استان اردبیل بوده و امکان تولید محصولاتی نظیر فرآورده های دودی ماهی قزل آلا، تولید انواع فیله های طعم دار آماده مصرف، کنسروهای خورشتی با گوشت آبزیان و پودر شامی آماده‌ی مصرف بر پایه‌ی پوره‌ی سیب زمینی و پروتیین ماهی را در استان اردبیل مورد بررسی قرار خواهد داد.